북한학연구소는 북한연구 관련 학제 간 교류를 통하여 북한학의 발전과 한반도의 평화와 안정을 도모하며, 궁극적으로는 통일에 이바지하는 것을 목표로 하고 있습니다.
또한, 국내 대표적인 북한연구기관으로의 발전을 위해 다음과 같은 목표를 가지고 활동을 하고 있습니다.대표적인 연구기관으로서의 위상에 걸 맞는 연구 인프라 구축과 학문후속세대 양성에 주력하고 있으며 지속적인 연구용역 수주를 통한 재정적 자립의 기틀을 마련하고 있습니다.
또한, 연구회원제의 도입으로 북한전문가, 학생, 언론인 등을 포괄하여 학문적 기여, 정책적 대안제시, 여론 형성의 기능을 통합적으로 이끌어 낼 수 있는 국내 최고의 북한 관련 전문기관으로 발전하는데 주력하고 있습니다.